Да, некоторым пользователям это нравится.

Если сразу загрузить в устройство много книг, то да — процесс индексации будет отнимать мощность процессора и заряд батареи более интенсивно.
Если же книги добавлять по 10-20 штук, то индексация идет практически не заметно.

Это значит, что у ПК слабый блок питания, а USB-порт имеет малый ток для обеспечения подзарядки.
Соответственно, процесс идет дольше. Аккумулятору это не вредно.
Заряжайте в любое удобное время или когда устройство сообщит о низком заряде.

Можно удалить.

Kindle не понимает формат LSD.

Если вы конвертируете из FB2, то  нем и надо менять ручками.
Если берете готовый MOBI, то качайте FB2,  правьте ручками язык внутри файла и конвертируйте в AZW/MOBI с помощью FreeLib.

В файле книге указан русский язык, вместо английского.

Нет. Для Kindle Paperwhite используйте другую инструкцию: http://kindle.zzweb.ru/paperwhite/jailbreak/

Книга в каком формате?

Я обложками не пользуюсь, тем более не оригинальными.