Я нашел решение: у меня отображался Kindle, и показывало сколько занято места в нем, но не отображало папки в главной директории кроме fonts (стили/фоны), в итоге я смог найти папку вписав вручную директорию главной папки с книгами, в моем случае E:\documents - у вас это может быть другой том.
И о чудо, книги все на месте. Но папка по прежнему скрыта если не вписывать вот так вручную.
Кому помог пишите в Телеграм - @clan3saints

Я нашел решение: у меня отображался Kindle, и показывало сколько занято места в нем, но не отображало папки в главной директории кроме fonts (стили/фоны), в итоге я смог найти папку вписав вручную директорию главной папки с книгами, в моем случае E:\documents - у вас это может быть другой том. 
И о чудо, книги все на месте. Но папка по прежнему скрыта если не вписывать вот так вручную.