У меня так же Kindle не видел закачанные новые книги, в том числе отправленные через email. Пробовал создавать новую папку и перемещать вначале в неё - не помогло. Потом я заметил, что удаленные с книги через компьютер файлы всё равно остаются в списке. Решил сделать Reset через меню пункта Settings. Все файлы из книги предварительно перенёс на компьютер, память после сброса очищается (музыка тоже). И всё получилось! Файлы вновь стали отображаться!