Здравствуйте! Тоже возникла такая проблема, мой Kindle не видел книги, загруженные с компа через USB. Всё оказалось очень просто. После загрузки новых книг нужно перезапустить устройство. Откройте "Настройки" ---> "Параметры устройства" ---> "Перезапуск".

После перезапуска все книги отобразится в вашем устройстве. )))))