Вообще-то устанавливается. Я установил джэйлбрейк поверх этой прошивки(5.3.5)

Пользуюсь calibre, есть аналоги?

А полным обновлением экрана страдают все Kindle Paperwhite, но это должно возникать не чаще одного раза 1 или 2 недели, и при появлении должна прекращаться через 20-30 мин. 

Для этого создана программа k2pdfopt. Он оптимизирует pdf для 6-дюймового экрана, увеличивается шрифт, и более удобен для чтения на ридерах, а также очень проста в использовании.

Только что заметил, что такое явление происходит только с переконвертированными книгами, так как моя библиотека состоит почти только из таких. Похоже что проблема в этом. Возможно ее решить?