Не отображаются обложки книг и не работают сноски

моби-файлы с флибусты через один плохо выравнены по правому краю.

Пользуйтесь Cool Reader и будет вам счастье.
http://kindle.copiny.com/question/details/id/74425

Оба способы (перекачать всю библиотеку / джейлбрейк) выглядят как некие обходные пути.
Вариант с кулридером я рассматриваю как последний, т.е. на тот случай, если действительно невозможно нормально конвертировать епаб в киндл-формат с обложками и сносками.
Это так?

Кстати, вопрос, поддерживает ли кулридер словари? Мне казалось, что нет.

Скачайте только то, что хотите прочитать в ближайшее время (10-20 книг).
Cool Reader не поддерживает словари, пока.

Извиняюсь за занудство, книг действительно не так много, но см выше - у готовых файлов часто кривое выравнивание.

Нормальное выравнивание можно получить с помощью Cool Reader для любого из основных книжных форматов (EPUB, FB2, MOBI).

Спасибо за советы, возможно я неудачно формулирую, но мне:
1. Нужно сохранить возможность пользоваться словарями
2. Нужно пакетно отконвертировать епабы в киндл формат с нормальным выравниванием, работающими сносками и обложками.

Вопрос - как это сделать?

1. Читайте книги в формате MOBI.
2. Ищите конвертер, который удовлетворит вашим требованиям.

Подскажите пожалуйста, скачиваю книги с флибусты сразу в формате MOBI и отправляю их в амазоновское хранилище, но после загрузки на киндл нет обложек, просто стандартная картинка с текстом :( Можно как-то исправить проблему?

Отправляйте по кабелю.
Иногда это помогает.

Я читаю то на киндле, то на телефоне с андроидом через приложение киндл. Соответственно все данные, в т.ч. последняя прочитанная страница постоянно синхронизируются. А если я закачаю книгу по кабелю, я смогу как-то привязать книгу к такой-же из облака?
Кстати странная особенность - когда скачиваешь книги из облака в приложение киндла на телефон - обложек тоже нет, но после перезапуска приложения обложки появляются. Может тут тоже существует подобный лайфхак? :)

Я обложками не интересуюсь - использую только списки.

​​Согласен, что обложки это второстепенная проблема (или третье-).
Но вот когда при некоторых конвертациях резко упрощается (а иногда и вообще теряется)​ оглавление, это по-серьёзней будет. Потому что для "толстых" книг без этой фичи таки неудобно.

В этом смысле возможность использовать напрямую Cool Reader ОСОБЕННО для чтения книг ИЗНАЧАЛЬНО созданных в fb2 формате - большое удобство. Я бы сказал - первостепенное.

Если изначально книга сверстана криво, то конвертация ее в другой формат, очевидно, приведет к потере каких-то данных или их искажению.
Тем более, что и конверторы не идеальны, сами по себе.

При конвертировании в Calibre достаточно поставить галочку под обложкой в поле "Использовать обложку из исходного файла". Всё.

У меня такая тема: 3 книги с флибусты в MOBI. 2 kindle - мой и жены (одинаковая версия, одинаковые прошивки). 

На свой кидаю книги через провод:  1 книга есть обложка, 2 книга нет обложки, 3 книга нет обложки. 

Жене кидаю по почте: 1 книга нет обложки, 2 книга есть обложка, 3 книга есть обложка. 

В чем мистика? Честно, тема обложек уже за-бала... бесит